Farmakoinformatika a gyakorlatban

Adatok

A Tantárgybejelentőben megadott hivatalos adatok az alábbi tanévre: 2022-2023

Tantárgyfelelős

  • Dr. Börzsei Rita Judit

    egyetemi adjunktus,
    Farmakológiai és Farmakoterápiai Intézet

Óraszámok/félév

előadás: 0 óra

gyakorlat: 12 óra

szeminárium: 0 óra

összesen: 12 óra

Tárgyadatok

  • Kód: OGF-FIG-T
  • 1 kredit
  • Gyógyszerész
  • Fakultatív modul
  • Tavaszi
Előfeltétel:

Nincs

Kurzus létszámkorlát

min. 5 fő – max. 40 fő

Campus kurzusként elérhető 40 fő számára. Campus-karok: ÁOK GYTK

Tematika

A Farmakoinformatika a gyakorlatban tantárgy keretein belül a hallgatók bepillantást nyerhetnek a számítógépes molekulamodellezés elméleti és gyakorlati alapjaiba. Ez a tudás alkalmas arra, hogy betekintést nyerjenek egy a napjainkban rendkívül gyorsan fejlődő tudományterületre. Olyan programokkal és file formátumokkal ismerkedhetnek meg, amelyeket a számítógépes gyógyszertervezésben és az in silico tudományos kutatásokban egyaránt használnak nemzetközi kutatócsoportok és gyógyszergyárak is. A szervezetben megtalálható gyógyszercélpontok atomi felbontású szerkezetének előállítására használható a homológia modellezés. A kísérletesen meghatározott (vagy homológia modellezett) célponthoz pedig a számítógépes dokkolás segítségével lehet a gyógyszermolekulák kötődését vizsgálni, amely fontos a molekuláris hatásmechanizmusuk feltérképezése során.

Előadások

Gyakorlatok

  • 1. Bevezetés a molekulamodellezésbe. PDB fileformátum megismerése.
  • 2. PyMol grafikus program megismerése, molekulák 3D-s megjelenítési lehetőségei.
  • 3. Molekula építés Lewis-képlet és szekvencia alapján.
  • 4. RCSB PDB adatbázis megismerése. Receptorok, enzimek 3D-s atomi szerkezete.
  • 5. Target-ligand komplex szerkezeti elemzése.
  • 6. Kölcsönható target aminosavak meghatározása, a target-ligand kölcsönhatások meghatározása.
  • 7. Homológia modellezés elméleti alapjai.
  • 8. Homológia modell építése: UniProt adatbázis, BLAST search, Modeller program.
  • 9. Homológia model validálása: Procheck Ramachandran plot.
  • 10. Dokkolás elméleti alapjai.
  • 11. Dokkolás gyakorlata online server használatával.
  • 12. Dokkolás kiértékelése, a legoptimálisabb kötési mód meghatározása.

Szemináriumok

A tananyag elsajátításához szükséges segédanyagok

Kötelező irodalom

nincs

Saját oktatási anyag

Elektronikus formában közzétéve a gyakorlatok előtt

Jegyzet

Ajánlott irodalom

Alan Hinchliffe: Molecular Modelling for Beginners, Wiley, Chichester, U.K. 2003.

A félév elfogadásának feltételei

Legfeljebb 25 % hiányzás megengedett

Félévközi ellenőrzések

A hallgatók a kurzus végén vizsgát tesznek az elhangzott anyagrészekből. A vizsga feleletválasztós tesztkérdésekből áll. A teszt 60%-ot meghaladó teljesítmény esetén értékelhető, egyéb esetben 2 javítási lehetőséget biztosítunk.

Távolmaradás pótlásának lehetőségei

Tantárgyfelelőssel egyeztetve

Vizsgakérdések

Elektronikus formában a NEPTUN rendszerben elérhető a kurzus folyamán.

Vizsgáztatók

Gyakorlatok, szemináriumok oktatói

  • Dr. Börzsei Rita Judit
  • Dr. Zsidó Balázs Zoltán