Themen des WSZs

Zweiter Themenleiter: Dr. BÖRZSEI, Rita Judit

Computational docking is an essential tool of drug design widely used by pharmaceutical companies. The project will focus on the prediction of structure and energy of drug-target interactions by computational docking. Both capabilities and limitations of the method will be investigated on a set of drug-target systems. The set will be assembled on the basis of common interest of the student and the supervisor.

Zweiter Themenleiter: Dr. ZSIDÓ, Balázs Zoltán

Epigenetics plays an important role in the pathomechanisms of various diseases. Modifications of histone proteins of the nucleosome, the “histone code” is fundamental in understanding of diseases with epigenetic background. In this project, we will study the effect of the modifications on structure and interactions of histones focusing on their role in disease pathomechanisms. Structural bioinformatics tools will be applied in our investigations.

Zweiter Themenleiter: Dr. BÖRZSEI, Rita Judit

Application of pharmacoinformatics tools is essential in modern drug design. The project will focus on the development of computational tools facilitating efficient discovery of potent drug candidates. The tools work with atomic resolution structures of (protein) targets and calculate the strength of drug-target interactions. Students interested in physical chemistry with programming and/or scripting skills (interest) are good candidates for participating in this project.

Zweiter Themenleiter: Dr. ZSIDÓ, Balázs Zoltán

Attacking the assembly of HIV capsid is promising strategy of fighting AIDS. Proteins of the viral capsid are good targets of drug design due to their low mutation rates. In the project, available assembly inhibitors will be collected and their mechanisms will be investigated by computational techniques. Based on the collected information and the uncovered mechanisms, new inhibitors will be also designed.

Zweiter Themenleiter: Dr. BÖRZSEI, Rita Judit

Signal transduction is a key to understanding pathomechamisms of various diseases. Signaling pathways are often based on the formation of complexes between protein partners. In many cases, experimental determination of atomic resolution structures of protein complexes (required by drug design) is difficult. In the present project, we will calculate the structure of such complexes using computational tools. We will also study their molecular dynamics to understand their role in signaling and provide starting information for drug development.

Zweiter Themenleiter: Dr. ZSIDÓ, Balázs Zoltán

GFR is an essential clinical parameter describing kidney function. The present topic involves a comparative literature survey of the methods of determination of GFR as creatinine clearance. In case we can find available literature and electronic healthcare records, we will apply statistical approaches to evaluate the significance of the state of art methods and will propose probable changes. Likewise, depending on the availability of data we will investigate the connection between physiological parameters (such as blood pressure) and GFR.

Zweiter Themenleiter: Dr. BÁTAI, István Zoárd

Wirkungen des Schwefelwasserstoffs, Natriumpolysulfid und Dimethyltrisulfid werden untersucht. Neben klassischen Modellen der Nozizeption und Entzündung, Modelle der neuropathischen Schmerzen, Arthritis und Bauchschpeicheldrüsenentzündung werden eingesetzt. Mechanische und Wärmeempfindlichkeit, Aktivität der Myeloperoxidase, Ödembildung, Geschwindigkeit der Plasmaextravasierung, bzw. Aktivierung bestimmter Teile des ZNSs durch Immunhistochemie werden in den Experimenten detektiert.

Posttraumatische Belastungsstörung (PTBS) ist eine von starkem psychischem/physischem Stress ausgelöste chronische Angstzustand. Die komplexe Pathomechanismen, die für die Krankheitsentwicklung verantwortlich sind, sind nicht ganz aufgeklärt, sowie ein bedeutsamer Anteil der PatientInnen spricht auf die zurzeit verfügbare Pharmakotherapie nicht an, und/oder kann wegen des Auftretens von Nebenwirkungen nicht richtig behandelt werden.

Laut unserer vorläufigen Untersuchungen exprimieren die EWcp-Neurone Transient Rezeptor Potential Ankyrin 1 (TRPA1). TRPA1 ist ein nicht-selektiver Kationenkanal, der hauptsächlich im somatosensorischen System - an den peripheren und zentralen Endigungen von primären sensorischen Neuronen - lokalisiert ist, und seine Rolle wurde in verschiedenen Zuständen bestätigt, die mit Schmerz und Entzündung einhergehen, sowie er wurde auch mit der Neuroinflammation in Zusammenhang gebracht. Die Interaktion von Neuronen und Gliazellen - begleitet durch derartigen entzündlichen Prozess des zentralen Nervensystems - können gemeinsam auch zur Entwicklung der Stimmungsstörungen beitragen. Aufgrund der Fachliteratur und unserer eigenen Ergebnisse lassen sich veränderte Verhaltensphänomene bei Mäusen mit TRPA1 Genmangel während Angst- und Depressionsteste nachweisen, die auf die eventuelle regulatorische Rolle des Ionenkanals bei Stimmungsstörungen hindeuten kann.

Anhand der oben detaillierten Angaben ist unsere Zielsetzung, die Rolle von TRPA1 im Maus-Modell von PTBS durch die Anwendung von Mäusen mit TRPA1 Genmangel aufzuklären, währen derer komplexe Verhalten-, Neuroendokrin-, funktionelle Neuromorphologische- und Molekularbiologische-Untersuchungen insbesondere im Gebiet des EWcp - die in der Stressadaptation beteiligt ist - durchgeführt werden.

Im Rahmen des Themas ist es möglich, in vivo, neuromorphologische und molekularbiologische Methode zu erwerben.