Számítógépes molekulamérnökség

Data

Official data in SubjectManager for the following academic year: 2024-2025

Topic

A számítógépes molekulamérnökség a gyógyszertervezés központi, modern területe. A hallgatók megismerkednek e terület elméleti hátterével és gyakorlati (szoftveres) eszközeivel. Az előadásokon lehetőség szerint számítógépteremben interaktív gyakorlati demonstrációra is sor kerül. A Journal Club órákon a hallgatók bevonásával az előző előadásokon tárgyalt területek friss szakcikkeinek bemutatásával mélyítjük el az ismereteket. A hallgatók így saját maguk fedezhetnek fel további összefüggéseket, győződhetnek meg a molekulamérnökség terén szerzett új ismereteik használhatóságáról. Az előadások heti rendszerességgel, vagy (lehetőség szerint) 4 blokkba összevonva kerülnek megtartásra.

Lectures

• 1.

  A makromolekulák megjelenítése. A VMD és a PyMol programok.

  - Börzsei Rita Judit
• 2. Szerkezeti mérések, változtatások és összehasonlítások. - Hetényi Csaba
• 3.

  Bevezetés a makromolekulák szerkezetébe. A peptidek és fehérjék szerkezetei. A biopolimerek szerkezetének kísérleti forrásai.

  - Börzsei Rita Judit
• 4.

  Példák a szerkezeti változékonyságra. A fehérjék konformációs rendezetlenségének szerepe az Alzheimer-kór és a prion betegségek esetében. Miozin, a motor fehérje: egy szekvencia, sok konformáció.

  - Börzsei Rita Judit
• 5.

  Molekulafelszín és térfogat számítások.

  - Börzsei Rita Judit
• 6.

  A kötőhelykeresés egyszwerű módszerei. Kavitációkereső algoritmusok. A PASS program.

  - Börzsei Rita Judit
• 7. A szerkezeti számító módszerek hierarchiája. A QM alapjai. - Hetényi Csaba
• 8.

  Molekulamodellező programok.

  - Börzsei Rita Judit
• 9. A molekulamechanika (MM) alapelvei. Erőterek. Kötő- és nemkötő kölcsönhatások. - Hetényi Csaba
• 10.

  Az MM programok általános algoritmusa. Programcsomagok. TINKER.

  - Börzsei Rita Judit
• 11.

  Journal club 1. A gyógyszertervezés számítógépes módszerei és stratégiái

  - Börzsei Rita Judit
• 12.

  Journal club 2. Komplementer megközelítések

  - Börzsei Rita Judit

Practices

Seminars

Reading material

Obligatory literature

Literature developed by the Department

Az oktatási anyag a vizsgakérdésekkel együtt a Farmakológiai és Farmakoterápiai Intézet honlapján és/vagy TEAMSEN és/vagy az előadáson/e-mailben elküldött linken érhető el.

Notes

Recommended literature

Conditions for acceptance of the semester

- Sikeres zárthelyi dolgozat VAGY
- Elfogadott Journal Club prezentáció VAGY
- Házi feladat elvégzése

Mid-term exams

A szemeszter végén zárthelyi dolgozat kerül meghirdetésre. A dolgozat egyszeri választásos tesztkérdéseket vagy esszékérdéseket tartalmaz. A jegy a dolgozat eredménye vagy opcionálisan a Journal Club-ra készített prezentáció vagy a kiadott házi feladat értékelése alapján kerül kialakításra. A hallgató a szabályzatban foglaltak szerint javíthatja jegyét.

Making up for missed classes

Távolmaradás pótlása konzultáció alapján.

Exam topics/questions

A vizsgakérdések az előadásanyagok mellett kerülnek elhelyezésre.

Examiners

• Börzsei Rita Judit
• Hetényi Csaba

Instructor / tutor of practices and seminars

• Börzsei Rita Judit
• Hetényi Csaba