Data
Official data in SubjectManager for the following academic year: 2020-2021
Course director
-
Dr. Hetényi Csaba
egyetemi docens,
Farmakológiai és Farmakoterápiai Intézet -
Number of hours/semester
lectures: 12 hours
practices: 0 hours
seminars: 0 hours
total of: 12 hours
Subject data
- Code of subject: OFF-CME-T
- 1 kredit
- Fogorvos
- Fakultatív modul
- Őszi
-
Course headcount limitations
min. 1 – max. 20
Available as Campus course for 5 fő számára. Campus-karok: ÁOK ETK GYTK TTK
Topic
A számítógépes molekulamérnökség a gyógyszertervezés központi, modern területe. A hallgatók megismerkednek e terület elméleti hátterével és gyakorlati (szoftveres) eszközeivel. A Journal Club órákon a hallgatók bevonásával az előző előadásokon tárgyalt területek friss szakcikkeinek bemutatásával mélyítjük el az ismereteket. A hallgatók így saját maguk fedezhetnek fel további összefüggéseket, győződhetnek meg a molekulamérnökség terén szerzett új ismereteik használhatóságáról. Az előadások heti rendszerességgel, vagy (lehetőség szerint) 4 blokkba összevonva kerülnek megtartásra.
Lectures
- 1. A makromolekulák megjelenítése. A VMD és a PyMol programok. - Dr. Hetényi Csaba
- 2. Szerkezeti mérések, változtatások és összehasonlítások. - Dr. Hetényi Csaba
- 3. Bevezetés a makromolekulák szerkezetébe. A peptidek és fehérjék szerkezetei. A biopolimerek szerkezetének kísérleti forrásai. - Dr. Hetényi Csaba
- 4. Példák a szerkezeti változékonyságra. A fehérjék konformációs rendezetlenségének szerepe az Alzheimer-kór és a prion betegségek esetében. Miozin, a motor fehérje: egy szekvencia, sok konformáció. - Dr. Hetényi Csaba
- 5. Molekulafelszín és térfogat számítások. - Dr. Hetényi Csaba
- 6. A kötőhelykeresés egyszwerű módszerei. Kavitációkereső algoritmusok. A PASS program. - Dr. Hetényi Csaba
- 7. A szerkezeti számító módszerek hierarchiája. A QM alapjai. - Dr. Hetényi Csaba
- 8. Molekulamodellező programok. - Dr. Hetényi Csaba
- 9. A molekulamechanika (MM) alapelvei. Erőterek. Kötő- és nemkötő kölcsönhatások. - Dr. Hetényi Csaba
- 10. Az MM programok általános algoritmusa. Programcsomagok. TINKER. - Dr. Hetényi Csaba
- 11. Journal club 1. A gyógyszertervezés számítógépes módszerei és stratégiái - Dr. Hetényi Csaba
- 12. Journal club 2. Komplementer megközelítések - Dr. Hetényi Csaba
Practices
Seminars
Reading material
Obligatory literature
Literature developed by the Department
Az oktatási anyag a vizsgakérdésekkel együtt a Farmakológiai és Farmakoterápiai Intézet honlapján vagy az előadáson/e-mailben elküldött linken érhető el.
Notes
Recommended literature
Conditions for acceptance of the semester
Mid-term exams
A szemeszter végén zárthelyi dolgozat kerül meghirdetésre. A dolgozat egyszeri választásos tesztkérdéseket és esszékérdéseket tartalmaz. A jegy a dolgozat eredménye és opcionálisan a Journal Club-ra készített prezentáció értékelése alapján kerül kialakításra. A hallgató a szabályzatban foglaltak szerint javíthatja jegyét.
Making up for missed classes
Távolmaradás pótlása konzultáció alapján.
Exam topics/questions
A vizsgakérdések az előadásanyagok végén kerülnek elhelyezésre.