Farmakoinformatika a gyakorlatban

Data

Official data in SubjectManager for the following academic year: 2022-2023

Topic

A Farmakoinformatika a gyakorlatban tantárgy keretein belül a hallgatók bepillantást nyerhetnek a számítógépes molekulamodellezés elméleti és gyakorlati alapjaiba. Ez a tudás alkalmas arra, hogy betekintést nyerjenek egy a napjainkban rendkívül gyorsan fejlődő tudományterületre. Olyan programokkal és file formátumokkal ismerkedhetnek meg, amelyeket a számítógépes gyógyszertervezésben és az in silico tudományos kutatásokban egyaránt használnak nemzetközi kutatócsoportok és gyógyszergyárak is. A szervezetben megtalálható gyógyszercélpontok atomi felbontású szerkezetének előállítására használható a homológia modellezés. A kísérletesen meghatározott (vagy homológia modellezett) célponthoz pedig a számítógépes dokkolás segítségével lehet a gyógyszermolekulák kötődését vizsgálni, amely fontos a molekuláris hatásmechanizmusuk feltérképezése során.

Lectures

Practices

• 1. Bevezetés a molekulamodellezésbe. PDB fileformátum megismerése.
• 2. PyMol grafikus program megismerése, molekulák 3D-s megjelenítési lehetőségei.
• 3. Molekula építés Lewis-képlet és szekvencia alapján.
• 4. RCSB PDB adatbázis megismerése. Receptorok, enzimek 3D-s atomi szerkezete.
• 5. Target-ligand komplex szerkezeti elemzése.
• 6. Kölcsönható target aminosavak meghatározása, a target-ligand kölcsönhatások meghatározása.
• 7. Homológia modellezés elméleti alapjai.
• 8. Homológia modell építése: UniProt adatbázis, BLAST search, Modeller program.
• 9. Homológia model validálása: Procheck Ramachandran plot.
• 10. Dokkolás elméleti alapjai.
• 11. Dokkolás gyakorlata online server használatával.
• 12. Dokkolás kiértékelése, a legoptimálisabb kötési mód meghatározása.

Seminars

Reading material

Obligatory literature

nincs

Literature developed by the Department

Elektronikus formában közzétéve a gyakorlatok előtt

Notes

Recommended literature

Alan Hinchliffe: Molecular Modelling for Beginners, Wiley, Chichester, U.K. 2003.

Conditions for acceptance of the semester

Legfeljebb 25 % hiányzás megengedett

Mid-term exams

A hallgatók a kurzus végén vizsgát tesznek az elhangzott anyagrészekből. A vizsga feleletválasztós tesztkérdésekből áll. A teszt 60%-ot meghaladó teljesítmény esetén értékelhető, egyéb esetben 2 javítási lehetőséget biztosítunk.

Making up for missed classes

Tantárgyfelelőssel egyeztetve

Exam topics/questions

Elektronikus formában a NEPTUN rendszerben elérhető a kurzus folyamán.

Examiners

Instructor / tutor of practices and seminars

• Dr. Börzsei Rita Judit
• Dr. Zsidó Balázs Zoltán