Data
Official data in SubjectManager for the following academic year: 2022-2023
Course director
-
Dr. Börzsei Rita Judit
egyetemi adjunktus,
Farmakológiai és Farmakoterápiai Intézet -
Number of hours/semester
lectures: 0 hours
practices: 12 hours
seminars: 0 hours
total of: 12 hours
Subject data
- Code of subject: OFF-FIG-T
- 1 kredit
- Fogorvos
- Fakultatív modul
- Tavaszi
-
Course headcount limitations
min. 5 – max. 40
Available as Campus course for 40 fő számára. Campus-karok: ÁOK GYTK
Topic
A Farmakoinformatika a gyakorlatban tantárgy keretein belül a hallgatók bepillantást nyerhetnek a számítógépes molekulamodellezés elméleti és gyakorlati alapjaiba. Ez a tudás alkalmas arra, hogy betekintést nyerjenek egy a napjainkban rendkívül gyorsan fejlődő tudományterületre. Olyan programokkal és file formátumokkal ismerkedhetnek meg, amelyeket a számítógépes gyógyszertervezésben és az in silico tudományos kutatásokban egyaránt használnak nemzetközi kutatócsoportok és gyógyszergyárak is. A szervezetben megtalálható gyógyszercélpontok atomi felbontású szerkezetének előállítására használható a homológia modellezés. A kísérletesen meghatározott (vagy homológia modellezett) célponthoz pedig a számítógépes dokkolás segítségével lehet a gyógyszermolekulák kötődését vizsgálni, amely fontos a molekuláris hatásmechanizmusuk feltérképezése során.
Lectures
Practices
- 1. Bevezetés a molekulamodellezésbe. PDB fileformátum megismerése.
- 2. PyMol grafikus program megismerése, molekulák 3D-s megjelenítési lehetőségei.
- 3. Molekula építés Lewis-képlet és szekvencia alapján.
- 4. RCSB PDB adatbázis megismerése. Receptorok, enzimek 3D-s atomi szerkezete.
- 5. Target-ligand komplex szerkezeti elemzése.
- 6. Kölcsönható target aminosavak meghatározása, a target-ligand kölcsönhatások meghatározása.
- 7. Homológia modellezés elméleti alapjai.
- 8. Homológia modell építése: UniProt adatbázis, BLAST search, Modeller program.
- 9. Homológia model validálása: Procheck Ramachandran plot.
- 10. Dokkolás elméleti alapjai.
- 11. Dokkolás gyakorlata online server használatával.
- 12. Dokkolás kiértékelése, a legoptimálisabb kötési mód meghatározása.
Seminars
Reading material
Obligatory literature
nincs
Literature developed by the Department
Elektronikus formában közzétéve a gyakorlatok előtt
Notes
Recommended literature
Alan Hinchliffe: Molecular Modelling for Beginners, Wiley, Chichester, U.K. 2003.
Conditions for acceptance of the semester
Legfeljebb 25 % hiányzás megengedett
Mid-term exams
A hallgatók a kurzus végén vizsgát tesznek az elhangzott anyagrészekből. A vizsga feleletválasztós tesztkérdésekből áll. A teszt 60%-ot meghaladó teljesítmény esetén értékelhető, egyéb esetben 2 javítási lehetőséget biztosítunk.
Making up for missed classes
Tantárgyfelelőssel egyeztetve
Exam topics/questions
Elektronikus formában a NEPTUN rendszerben elérhető a kurzus folyamán.
Examiners
Instructor / tutor of practices and seminars
- Dr. Börzsei Rita Judit
- Dr. Zsidó Balázs Zoltán