Bioinformatika

Adatok

A Tantárgybejelentőben megadott hivatalos adatok az alábbi tanévre: 2025-2026

Tematika

Egy egyszerű meghatározás szerint a bioinformatika molekuláris biológia számítógépen. Mára, többek között a Humán Genom Projektnek köszönhetően, döbbenetes mennyiségű információ áll rendelkezésre génjeinkről és fehérjéinkről. Mit kezdhetünk ezzel az információval? A bioinformatika célja ezen adatok rendszerezése, a számunkra fontos adatok megkeresése és elemzése. Tantárgyunk ebbe nyújt bepillantást. Olyan kérdésekre keressük majd a választ, mint pl.

- hogyan kereshetjük meg egy adott fehérje DNS és aminosav szekvenciáját az interneten?

- hogyan különíthetők el egy génen belül a kódoló és nem kódoló régiók?

- hogyan jósolhatók meg DNS és fehérjemolekulák tulajdonságai a szekvenciájuk alapján?

- hogyan tervezhetjük meg egy fehérje klónozását?

- mennyire hasonlít ugyanaz a fehérje emberben és egérben?

- hogyan jósolható meg egy fehérje 3D szerkezete?

- hogyan ábrázolható és manipulálható egy fehérje 3D szerkezete?

A tantárgy során a fenti és számos további kérdésnek nemcsak az elméleti alapjait beszéljük meg, de a hallgatók a módszereket a gyakorlatban is kipróbálhatják.

Előadások

Gyakorlatok

• 1. Bevezetés - Grama László
• 2. Molekuláris biológiai alapok - Grama László
• 3. Alapvető eszközökről röviden - Grama László
• 4. Fehérje adatbázisok - Grama László
• 5. Nukleotid adatbázisok - Grama László
• 6. Gén és genom adatbázisok. Restrikciós térképezés - Grama László
• 7. PCR primer tervezés. Plazmid térképek - Grama László
• 8. Klónozási példafeladat 1 - Grama László
• 9. Klónozási példafeladat 2 - Grama László
• 10. Hasonlóságkeresés (BLAST) - Grama László
• 11. Többszörös szekvenciaillesztés. Filogenetikai fák. 3D fehérjeszerkezetek - Grama László
• 12. Fehérjeszerkezetek előrejelzése, szimulációk. Publikációs adatbázisok. Referenciakezelés - Grama László

Szemináriumok

• 1. Bevezetés - Grama László
• 2. Molekuláris biológiai alapok - Grama László
• 3. Alapvető eszközökről röviden - Grama László
• 4. Fehérje adatbázisok - Grama László
• 5. Nukleotid adatbázisok - Grama László
• 6. Gén és genom adatbázisok. Restrikciós térképezés - Grama László
• 7. PCR primer tervezés. Plazmid térképek - Grama László
• 8. Klónozási példafeladat 1 - Grama László
• 9. Klónozási példafeladat 2 - Grama László
• 10. Hasonlóságkeresés (BLAST) - Grama László
• 11. Többszörös szekvenciaillesztés. Filogenetikai fák. 3D fehérjeszerkezetek - Grama László
• 12. Fehérjeszerkezetek előrejelzése, szimulációk. Publikációs adatbázisok. Referenciakezelés - Grama László

A tananyag elsajátításához szükséges segédanyagok

Kötelező irodalom

Saját oktatási anyag

http://biofizika.aok.pte.hu

Jegyzet

Ajánlott irodalom

A félév elfogadásának feltételei

Legfeljebb 3 foglalkozásról történő hiányzás megengedett.

Félévközi ellenőrzések

Projekt munka: egy klónozási folyamat megtervezése

Távolmaradás pótlásának lehetőségei

Nincs.

Vizsgakérdések

http://biofizika.aok.pte.hu

Vizsgáztatók

Gyakorlatok, szemináriumok oktatói

• Grama László
• Kengyel András Miklós
• Talián Csaba Gábor