TDK

Társtémavezető: Dr. Zsidó Balázs Zoltán

A vírusok kevésbé mutálódó fehérjéit, mint például a kapszid fehérjéket célozzuk meg olyan kis molekulákkal, amelyek e fehérjékhez erősen kötődnek és a vírus kapszidjának felépülését gátolják. Munkánk során atomi felbontású szerkezetekkel dolgozunk.

Társtémavezető: Dr. Zsidó Balázs Zoltán

A hiszton fehérjék poszt-transzlációs módosulásai és kölcsönhatásaik a klasszikus genetikai kódhoz hasonlóan több betegség molekuláris biológiai hátterét képezik. A hisztonok kölcsönhatásainak vizsgálata és módosítása a célunk, atomi felbontású szerkezetek felhasználásával.

Társtémavezető: Dr. Börzsei Rita Judit

A számítógépes dokkolás a gyógyszertervezés kihagyhatatlan eszköze, amelyet gyógyszergyárak is széleskörűen alkalmaznak. A projekt a gyógyszer-célpont kölcsönhatások szerkezetének és energiájának számítógépes dokkolással történő előrejelzésére fókuszál. A módszer képességeit és korlátait is vizsgáljuk, gyógyszer-célpont rendszerek egy szettjén. A szettet a hallgató és a témavezető közös érdeklődési köre alapján állítjuk össze.

Társtémavezető: Dr. Zsidó Balázs Zoltán

Az epigenetika fontos szerepet játszik különféle betegségek pathomechanizmusában. A nukleoszóma hiszton fehérjéinek módosulásai, a „hiszton kód” alapvető az epigenetikai hátterű betegségek megértésében. A projektben a módosulásoknak a hisztonok szerkezetére és kölcsönhatásaira kifejtett hatásait vizsgáljuk, fókuszálva a betegségek pathomechanizmusaiban betöltött szerepükre. Vizsgálatainkhoz szerkezeti bioinformatikai eszközöket használunk.

Társtémavezető: Dr. Börzsei Rita Judit

A farmakoinformatikai eszközök használata alapvető a modern gyógyszertervezésben. A projekt számítógépes eszközök fejlesztésére fókuszál elősegítve a potens gyógyszer-jelöltek felfedezésének hatékonyságát. Az eszközök a (fehérje) célpontok atomi felbontású szerkezeteivel dolgoznak és a gyógyszer-célpont kölcsönhatások erősségét számolják. A fizikai kémia iránt érdeklődő hallgatók, programozási és/vagy szkriptelési ismeretekkel (érdeklődéssel) jó jelöltek e projektben történő részvételre.

Társtémavezető: Dr. Zsidó Balázs Zoltán

A HIV kapszid összeszerelődésének támadása az AIDS elleni küzdelem bíztató stratégiája. A virális kapszid fehérjéi a gyógyszertervezés jó célpontjai, alacsony mutációs hajlandóságuk miatt. A projektben a meglévő összeszerelődés-gátlók kerülnek gyűjtésre és a hatásmechanizmusuk vizsgálata történik, számítógépes technikákkal. Az összegyűjtött információk és feltárt mechanizmusok birtokában új gátlószerek tervezésére is sor kerül.

Társtémavezető: Dr. Börzsei Rita Judit

A jelátvitel kulcsot szolgáltat a különféle betegségek pathomechanizmusának megértéséhez. A jelátviteli útvonalak gyakran fehérje partnerek között kialakuló komplexek képződésén alapulnak. Sok esetben a fehérje-komplexek (gyógyszertervezés által igényelt) atomi felbontású szerkezetének kísérleti meghatározása nehézkes. A jelen projektben ilyen komplexek szerkezetének számítására kerül sor számítógépes eszközök felhasználásával. Tanulmányozni fogjuk molekuláris dinamikájukat is, hogy megértsük szerepüket a jelátvitelben és kiindulási információt szolgáltassunk a gyógyszerfejlesztéshez.

Társtémavezető: Dr. Zsidó Balázs Zoltán

A GFR a veseműködés leírására szolgáló alapvető klinikai paraméter. A jelen téma magába foglalja a GFR, mint kreatinin clearance meghatározására szolgáló módszerek összehasonlító irodalmi feldolgozását. Amennyiben irodalmi, valamint elektronikus egészségügyi betegadatok elérhetőek lesznek, úgy azok statisztikai feldolgozása révén felülvizsgáljuk a jelenlegi GFR számító módszerek szignifikanciáját és javaslatot teszünk esetleges változtatásukra. Szintén a hozzáférhető adatok függvényében a GFR függését megvizsgáljuk fontos élettani paraméterektől is, mint például a vérnyomás.

Társtémavezető: Dr. Zsidó Balázs Zoltán

A kutatás során aktuális gyógyszer-újrapozícionálási lehetőségeket vizsgálunk meg a célpont-ligandum komplex szerkezetek előállításával és kiértékelésével. A kutatómunka során naprakész farmakoinformatikai módszereket alkalmazunk.

Társtémavezető: Dr. Zsidó Balázs Zoltán

A fehérje-fehérje kölcsönhatások a jelátviteli útvonalak szerkezeti kulcsát jelentik. E kölcsönhatások támadása kisebb méretű ligandumokkal a gyógyszertervezés egyik aktuális kihívását jelenti. A projektben feltérképezzük az eddigi hatásos ligandumokat, kötődésük módját és szerkezeti következtetéseket vonunk le új ligandumok tervezéséhez.

Társtémavezető: Szél Viktor

A számítógépes dokkolás a gyógyszertervezés kihagyhatatlan eszköze, amelyet gyógyszergyárak is széleskörűen alkalmaznak. A projekt a gyógyszer-célpont kölcsönhatások szerkezetének és energiájának számítógépes dokkolással történő előrejelzésére fókuszál. A módszer képességeit és korlátait is vizsgáljuk, gyógyszer-célpont rendszerek egy szettjén. A szettet a hallgató és a témavezető közös érdeklődési köre alapján állítjuk össze.