Adminisztráció
- Dékáni Hivatal
- Dékáni Titkárság
- Marketing és Kommunikációs Osztály
- Hallgatói Szolgáltató Osztály
- Minőségirányítási és Intézményfejlesztési Osztály
- Oktatástámogatási, Fejlesztési és Habilitációs Osztály
- Pályázati és Innovációs Iroda
- PTE Kancellária/ÁOK Gazdasági Referatúra
- Kari Informatikai Csoport
Oktatástámogatás és habilitáció
Hallgatói szolgáltató irodák
- Angol Felvételi és Hallgatói Szolgáltató Iroda
- Magyar Felvételi és Hallgatói Szolgáltató Iroda
- Német Felvételi és Hallgatói Szolgáltató Iroda
- Alumni Iroda
- Nemzetközi Kapcsolatok Irodája, Erasmus Iroda
Marketing és kommunikáció
Egyéb funkcionális szervezeti egységek
- Szak- és Továbbképző Központ
- Nemzetközi Oktatási Központ (NOK)
- Orvosi Készségfejlesztő és Innovációs Központ
- Testnevelés- és Mozgásközpont
- Orvoskari Hírmondó
- Ábrahám István Nano-Bio-Imaging Központ
Könyvtár
Egyéb
- Bölcsőde
- Óvoda
- Nővérotthon
- PTE Integrált Egészségügyi Szakszervezet
- Balassa (B) Kollégium
- Orvoskari Múzeum
- Medicina Könyvesbolt
- PROFEX Nyelvvizsga Központ
- ÁOK Elméleti Tömb Gondnoksága
Bizottságok
- Angol Program Bizottság
- Doktori és Habilitációs Tanács
- OMHV (Feedback) Bizottság
- Informatikai Bizottság
- Kreditátviteli Bizottság
- Kurrikulum Bizottság
- Minőségfejlesztési Bizottság
- Német Program Bizottság
- Nemzetközi Kapcsolatok Bizottsága
- Pályázati és Ösztöndíj Bizottság
- Sajtóbizottság
- Szak- és Továbbképzési Bizottság
- Szakmai Előmeneteli Bizottság
- Tanulmányi Bizottság
- Tudományos Diákköri Tanács
- Tudományos Bizottság