A Klinikai Központi Gyógyszertár alapvető feladata a betegellátó intézetek gyógyszerellátásának biztosítása. Célja a biztonságos és magas szakmai színvonalú gyógyszerellátás a gazdaságossági szempontok figyelembevételével. Helyi gyógyszerelőállítással biztosítja a speciális vagy egyedi igények kielégítését. A gyógyszerészeti tudomány és kutatás gyakorlati eredményeit felölelő adatbázisa segítségével széleskörű gyógyszerinformációs lehetőséget biztosít.
A Gyógyszerészeti Intézet a másod, negyed és ötöd évfolyamok gyógyszerészhallgatóinak oktatásában vesz részt, valamint meghatározó szerepet tölt be a posztgraduális képzésben. A Gyógyszerügyi ismeretek c. gyűjtő tárgya keretében az alábbi főbb szakismereti tárgyakat is integrálja: Klinikai, kórházi gyógyszerészet, Farmakoökonómia, Bizonyítékokon alapuló orvoslás és gyógyszerészet, Gyógyszerészeti szakinformatika, Gyógyszerészi gondozás. A Gyógyszerészeti Intézet számos gyakorlati tudományág sokirányú ismeretanyagát szintetizálja. Miután ez a képzés – az intézetünkön belül – elsősorban a felsőbb évfolyamokon, illetve posztgraduálisan zajlik, ez már a hallgatóknak egy valós, gyakorlat- orientált felkészítését jelenti, természetesen a már egyéb tárgyak kapcsán megszerzett ismeretanyag alapján.