« Oktatás

Számítógépes molekulamérnökség

Tantárgy menü

Adatok

A Tantárgybejelentőben megadott hivatalos adatok az alábbi tanévre: 2020-2021

Tantárgyfelelős

Dr. Hetényi Csaba (hetenyi.csaba@pte.hu), egyetemi docens

Farmakológiai és Farmakoterápiai Intézet

Tárgyadatok

Kód: OGF-CME-T  |  1 kredit  |  Gyógyszerész |  Fakultatív modul  |  Őszi

Előfeltétel: Nincs

Óraszámok / félév

12 óra előadás + 0 óra gyakorlat + 0 óra szeminárium = összesen 12 óra

Kurzus létszámkorlát

min. 1 fő – max. 20 fő

Campus kurzusként elérhető 5 fő számára. Campus-karok: ÁOK ETK GYTK TTK

Tematika

A számítógépes molekulamérnökség a gyógyszertervezés központi, modern területe. A hallgatók megismerkednek e terület elméleti hátterével és gyakorlati (szoftveres) eszközeivel. A Journal Club órákon a hallgatók bevonásával az előző előadásokon tárgyalt területek friss szakcikkeinek bemutatásával mélyítjük el az ismereteket. A hallgatók így saját maguk fedezhetnek fel további összefüggéseket, győződhetnek meg a molekulamérnökség terén szerzett új ismereteik használhatóságáról. Az előadások heti rendszerességgel, vagy (lehetőség szerint) 4 blokkba összevonva kerülnek megtartásra.

Előadások

  • 1. A makromolekulák megjelenítése. A VMD és a PyMol programok. - Dr. Hetényi Csaba
  • 2. Szerkezeti mérések, változtatások és összehasonlítások. - Dr. Hetényi Csaba
  • 3. Bevezetés a makromolekulák szerkezetébe. A peptidek és fehérjék szerkezetei. A biopolimerek szerkezetének kísérleti forrásai. - Dr. Hetényi Csaba
  • 4. Példák a szerkezeti változékonyságra. A fehérjék konformációs rendezetlenségének szerepe az Alzheimer-kór és a prion betegségek esetében. Miozin, a motor fehérje: egy szekvencia, sok konformáció. - Dr. Hetényi Csaba
  • 5. Molekulafelszín és térfogat számítások. - Dr. Hetényi Csaba
  • 6. A kötőhelykeresés egyszwerű módszerei. Kavitációkereső algoritmusok. A PASS program. - Dr. Hetényi Csaba
  • 7. A szerkezeti számító módszerek hierarchiája. A QM alapjai. - Dr. Hetényi Csaba
  • 8. Molekulamodellező programok. - Dr. Hetényi Csaba
  • 9. A molekulamechanika (MM) alapelvei. Erőterek. Kötő- és nemkötő kölcsönhatások. - Dr. Hetényi Csaba
  • 10. Az MM programok általános algoritmusa. Programcsomagok. TINKER. - Dr. Hetényi Csaba
  • 11. Journal club 1. A gyógyszertervezés számítógépes módszerei és stratégiái - Dr. Hetényi Csaba
  • 12. Journal club 2. Komplementer megközelítések - Dr. Hetényi Csaba

Gyakorlatok

Szemináriumok

A tananyag elsajátításához szükséges segédanyagok

Kötelező irodalom

Saját oktatási anyag

Az oktatási anyag a vizsgakérdésekkel együtt a Farmakológiai és Farmakoterápiai Intézet honlapján vagy az előadáson/e-mailben elküldött linken érhető el.

Jegyzet

Ajánlott irodalom

A félév elfogadásának feltételei

Félévközi ellenőrzések

A szemeszter végén zárthelyi dolgozat kerül meghirdetésre. A dolgozat egyszeri választásos tesztkérdéseket és esszékérdéseket tartalmaz. A jegy a dolgozat eredménye és opcionálisan a Journal Club-ra készített prezentáció értékelése alapján kerül kialakításra. A hallgató a szabályzatban foglaltak szerint javíthatja jegyét.

Távolmaradás pótlásának lehetőségei

Távolmaradás pótlása konzultáció alapján.

Vizsgakérdések

A vizsgakérdések az előadásanyagok végén kerülnek elhelyezésre.

Vizsgáztatók

Gyakorlatok, szemináriumok oktatói